ArcticZymes Technologies成立于20世紀80年代后期,總部位于挪威北部的特羅姆瑟(Troms?)。立足北極海洋區(qū),致力于從海洋生物中識別新的冷適應酶,用于分子研究、體外診斷和治療領域。ArcticZymes專注于與全球的合作伙伴和商業(yè)創(chuàng)新者建立牢固可靠的關系。因此,我們一直在探索并開發(fā)更加不一樣的產品,不斷滿足并且超過合作伙伴的期望。
HL-SAN熱不穩(wěn)定性耐高鹽核酸酶70910-202
描述
無論是實驗室規(guī)模樣品制備、還是生產規(guī)模工藝過程,去除核酸都可以改善工藝流程,如蛋白純化、病毒載體制備、mNGS中樣品處理等過程。而核酸酶的選擇,就顯得特別重要。Heat Labile-Salt Active Nuclease (熱不穩(wěn)定性耐高鹽核酸酶,HL-SAN) 是一種非特異性內切酶,在高鹽濃度下具有較佳活性;且該酶在多種緩沖液中都有活性,很容易通過還原劑處理而失活。這些特性使HL-SAN在需要去除DNA和RNA的應用中,更為適合。
核酸污染,特別是宿主基因組DNA污染,在幾乎所有工藝流程及生物制品的生產中,都是需要重點解決的問題。一方面,宿主DNA的存在,影響目標產物的純化及下游質量分析等。另一方面,宿主DNA殘留能引起機體嚴重的免疫反應,是生物制品的關鍵質量參數之一,FDA及NMPA等對Host Cell DNA (HCD)有嚴格的質控要求。
宿主基因組DNA中,組蛋白與DNA形成核小體,核小體緊密折疊形成結構復雜的染色質。組蛋白與DNA間存在強烈的離子作用及疏水作用,再加上特殊的結構,導致宿主DNA很難被準確檢測并清除。已有文獻表明,高鹽濃度下組蛋白與DNA解離相對很好,這有利于宿主DNA的檢測及去除。但市售的絕大多數核酸酶在高鹽濃度下活性很弱,甚至全部失活。而耐高鹽的HL-SAN成了這類應用的理想選擇。
高鹽濃度能夠提高去除效率
HL-SAN是一種新型的、耐高鹽的工程化內切酶。該酶在0.5 M NaCl條件下具有較佳活性,是去除宿主DNA污染的理想選擇。
鹽濃度是去除過程的重要參數之一。高鹽濃度下,宿主DNA與蛋白質能夠全部解離,從而更容易被降解。
推薦應用
1. 病原微生物診斷應用,如宏基因組測序(mNGS)樣品去除宿主DNA;
2. 蛋白純化,特別是DNA結合蛋白;
3. 病毒載體制備,如腺相關病毒(AAV)、腺病毒(AdV)等;
4. 其他需要去除宿主DNA的應用等。
優(yōu)勢
1. 高鹽條件下,DNA清除效率更高,宿主DNA殘留更少;
2. pI為9.6,容易跟絕大多數蛋白分離;
3. 還原劑存在時,酶易失活,減少對后續(xù)流程的影響。
4.溫度穩(wěn)定
5.在低溫下活躍(6℃時為20%)
實驗數據:
Figure 1. HL-SAN的特性
使用指導
1. DNA去除方案
從細胞抽提物或細胞裂解液中去除DNA污染,HL-SAN的使用量受到多種因素影響,如細胞類型、裂解液組成、NaCl濃度、Mg2+濃度、裂解液pH等。參考方案見Figure 1。比如,對于1ml細胞裂解樣品,調整到0.3-0.75 M NaCl濃度,加入1000 U HL-SAN,15℃-37℃溫度條件下孵育30-60min,或者4℃過夜。Mg2+是必須的。
Figure 2. 不同樣品、不同去除要求下,HL-SAN的推薦濃度及反應條件。(DNA removal的要求是指通過瓊脂糖凝膠電泳看不到條帶。Decontamination的去除要求是對23S rDNA進行qPCR檢測為陰性。)
2. 滅活
滅活是通過添加還原劑(TCEP或DTT)來實現的,推薦用TCEP(因為TCEP在磷酸鹽溶液中不穩(wěn)定,特別在中性pH下)。不同工藝流程中,通過改變孵育時間、溫度和還原劑的濃度等來滅活該酶。一般情況下, 25-37℃反應5-10分鐘,可以滅活99%以上的酶。為了避免酶恢復活性、再次激活,保持低濃度還原劑,如0.1-0.5 mM DTT或TCEP,或延長滅活反應時間。
3. 去除
HL-SAN的pI是9.6,能夠緊密結合陽離子交換柱。在pH 9.0條件下用0.2M鹽沖洗,柱子的流出液/廢液中只有不到0.02%酶脫落。需要注意的是,不推薦使用陰離子交換柱去除HL-SAN,因為HL-SAN的糖基化修飾會結合到柱子上。
Figure 3. HL-SAN緊密結合在SP-sepharose柱子上(體系是0.2 M鹽濃度,pH 9.0)。
應用實例:
高效去除人體DNA (99.99%)干擾、快速檢測下呼吸道感染(LRIs)病原
呼吸道感染(RIs)病原的快速檢測一直是醫(yī)療中亟待解決的問題。RIs樣本類型眾多并且病原含量差別很大,同時帶有大量的人體細胞,因此搭建一套快速、高效的樣本處理系統對于通過高通量測序進行病原檢測至關重要。
2019年Nature Biotechnology文章報道了如下流程。為了盡可能去除宿主DNA、提高檢測靈敏度,在優(yōu)化實驗的人體宿主細胞去除、微生物DNA提取和nanopore測序等三個步驟都做了對應的優(yōu)化,比如宿主DNA去除時找到了合適濃度的saponin(2.2%),HL-SAN步驟由兩步減為一步,清洗步驟縮減為2次。從拿到樣本到建庫完成縮短至6hr,且在較終檢測中達到了96.6%的敏感性和100%的特異性。
Figure4. Nanopore宏基因組快檢流程。
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